De facto, o advérbio embora deriva da expressão antiga «em boa hora». Said Ali explica como esta locução passou a advérbio, constituindo uma unidade com significado próprio (Gramática Histórica da Língua Portuguesa, Rio de Janeiro, Melhoramentos, 1965, 5.ª edição, p. 190; mantém-se a ortografia original):

«Tornou-se usual acompanhar a forma imperativa de ir e vir dos votos de bom êxito. Esta noção, compreendida no advérbio embora, desluziu-se da consciência hodierna, que confusamente descarrega nêle o conceito de "afastamento", como se os verbos não dissessem já a mesma cousa. [...]»

No que respeita ao uso de embora como conjunção concessiva, Said Ali (ibidem) acrescenta:

«Não se usou êste advérbio sòmente para augurar bem ou desejar hora propícia às empresas humanas. Introduziu-se também em orações optativas e outras para denotar que se concede a possibilidade do fato, ou que o indivíduo que fala não se opõe ao seu cumprimento. Da alteração semântica dão testemunho os seguintes passos:

[...] Honrem-se embora com essas arvores os seus montes, que os nossos valles não hão mister quem procure a sua exaltação ([Vieira, Sermões], 5, 360) [...]

[...] Desta prática veio o transformar-se, em português hodierno, o advérbio embora em conjunção concessiva, mudando-se naturalmente a contextura das orações. A principal passou a servir de subordinada, e a correlata despe-se da partícula que, convertendo-se em principal, dizendo-se v.g.: embora honrem essas árvores os seus montes, os nosso vales não hão mister quem procure a sua exaltação. [...]»