Ainda não existe uma etimologia segura para Farminhão.

José Pedro Machado, no seu Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, considera que Farminhão tem origem obscura, talvez germânica. Joseph-Maria Piel propôs que o topónimo tivesse origem no antropónimo latino Firminianus, o qual entraria na expressão toponímica hipotética «(fundu) Firminianu» (equivalente a «propriedade de Firminiano»).

Almeida Fernandes (Toponímia Portuguesa: Exame a um Dicionário, 1999) contesta Piel e propõe, baseando-se na atestação medieval Framiam, que o topónimo venha de «villa *Framilani», em que ocorre um antropónimo germânico hipotético *Framila (segundo o autor citado, composto com frams, «valente»; o * indica hipótese não atestada documentalmente). A cadeia etimológica proposta por Almeida Fernandes é a seguinte:

*Framilani > Framilan > *Framĩan > *Farmĩão > Farminhão

É de lembrar que a toponímia de origem germânica é abundante a norte do Mondego e a noroeste da serra da Estrela, ao que parece devido à conquista dessa região para a órbita galaico-asturiana, nos séculos IX-X. Os topónimos terão origem na antroponímia gótica, donde provinham os nomes dos indivíduos que tomavam posse (presúria) das terras. Há quem proponha que  esta toponímia surgiu antes, no período suevo-visigótico (século V a começos do século VIII), mas é hipótese muito incerta.