O verbo ser não está aqui utilizado na acepção de verbo copulativo de significação indefinida («ter uma determinada qualidade contida no predicativo»), mas, sim, com o significado de «acontecer, suceder, passar». Assim, esta expressão equivale a «Que aconteceria a essas crianças?», «Que sucederia a essas crianças?», «Que se passaria com essas crianças?».

Respondendo, então, ao que pergunta, direi que o verbo ser está correctamente utilizado na 3.ª pessoa do singular, pois concorda com o pronome que, seu sujeito.

A função sintáctica de “dessas crianças” é o complemento indirecto, e o verbo ser, aqui, é um verbo transitivo indirecto.