A forma correcta é efectivamente protótipo (proparoxítona). Rebelo Gonçalves escreveu mesmo que a forma prototipo (paroxítona) era inexacta.
No entanto, também a forma preferível é logótipo, mas logotipo já aparecia dicionarizada em 1991 no «Grande Dicionário da Língua Portuguesa», projecto da Sociedade da Língua Portuguesa, coordenação de José Pedro Machado.
Uma coisa é o respeito pela etimologia, outra o uso dos falantes. No caso do logotipo, como noutras palavras com a mesma terminação (e como já tenho dito), a pronúncia paroxítona ter-se-á imposto pela relação lógica com o termo tipo (um grupo de letras que constitui um tipo para a composição tipográfica ou um tipo característico duma marca), e a comunidade de falantes ignorou os etimologistas.
Quanto a *prototipo (do grego ‘protos’, primeiro + ‘typos’, tipo: ‘protótypos’), este termo ainda não está dicionarizado nos dicionários recentes que consultei, o que significa que os lexicógrafos consideram que a sua divulgação ainda não justifica a entrada no léxico. Recomendo que, por enquanto, se siga Rebelo Gonçalves nesta palavra.

Ao seu dispor,