Neste contexto concreto, o verbo aguardar significa «esperar» (Dicionário Priberam).

Deste modo, julgo que os dois enunciados propostos pela consulente estarão corretos, tal como se pode confirmar, por exemplo, no Dicionário Houaiss: «aguardava o momento»; «aguardava por melhor oportunidade». Porém, no primeiro caso – «Aguardo por um comboio menos cheio» –, o verbo é transitivo indireto, e, no segundo – «Aguardo um comboio menos cheio» –, transitivo direto.