É mais correto dizer «proposta de alteração do contrato-programa», porque as preposições selecionadas por alteração são normalmente de e em; deste modo, a expresssão «proposta de alteração no programa» também está certa (ver Dicionário de Regimes de Substantivos e Adjetivos, de Francisco Fernandes).

É provável que «alteração ao programa» tenha surgido por omissão do verbo fazer numa expressão como «fazer alterações/uma alteração ao programa». Nesta expressão, o uso da preposição a marca o objeto que é afetado por uma dada ação.