Transcrevo o que José Pedro Machado diz no seu Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa sobre o topónimo Junqueira:

«top[ónimo] frequente, em Portugal e na Galiza, tanto Junqueira como Junquera. Do s[ubstantivo] f[eminino] junqueira.»

Como substantivo comum, junqueira é sinónimo de juncal, ou seja, «terrenos onde crescem juncos».