O Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa (Lisboa, Horizonte, 2003), de José Pedro Machado, regista Machuqueira como nome próprio de um topónimo (nome de lugar) que ocorre em várias zonas de Portugal, mais propriamente nos concelhos de Chamusca e de Coruche (no Ribatejo), nos de Évora, de Gavião e de Ponte de Sor (no Alentejo) e, também, no de Pombal (na região centro). Por sua vez, tal topónimo deriva do termo machuqueiro, «com valor colectivo: “local onde há sobreiros novos”». 

A partir destes dados, e uma vez que não se encontra dicionarizado como apelido ou como antropónimo, o nome de família Machuqueiro deve estar, decerto, relacionado com o local de residência de algum elemento dessa família (que serviria de referência como sinal identificativo: «o de Machuqueira», «aquele senhor de Machuqueira») ou, então, designaria alguém que seria proprietário de um campo com sobreiros novos, um machuqueiro.

Como é do domínio comum, não é invulgar que os apelidos e os nomes de famílias estejam associados aos topónimos de onde eram naturais, onde residiam ou de que eram proprietárias, como se pode verificar pelo que nos diz José Leite de Vasconcelos, em Antroponímia Portuguesa (Lisboa, Imprensa Nacional, 1928), quando afirma que «a geografia gera apelidos por vários modos: dando um nome próprio, ou comum, de lugar, sítio, região, etc., ou dando um adjectivo, que pode chamar-se étnico» (p. 155), razão pela qual são designados por «apelidos de origem geográfica e étnica».