Não é certo que antes da reforma ortográfica de 1911 se escrevesse frequentemente Pereyra, com y, muito embora esta letra tivesse uso abundante (p. ex. typo e lyra em lugar de tipo e lira, respetivamente). Nos inícios do século XVIII, ocorre Pereyra, por exemplo, na Vida de D. Nuno Álvares Pereyra, segundo Condestável de Portugal, do padre Fr. Domingos Teixeira. Contudo, mais de cem anos depois, consultando a revista O Instituto (publicada enttre 1853 e 1981), verifica-se que Pereira e, por exemplo, outro apelido/sobrenome também acabado em -eira, Ferreira, se escrevem como hoje. Além disso, refira-se que José Pedro Machado, no Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, regista apenas a forma Pereira, acerca da qual também refere atestar-se a variante Pireira (séc. XIV).

Acrescente-se que este apelido também é galego, língua em que tem a mesma forma que em português, Pereira. Pode supor-se alguma interferência do castelhano na grafia do nome, uma vez que y é usado na ortografia do espanhol, mas a verdade é que, neste caso, a letra y ocorre geralmente normalmente em final de uma sequência gráfica e nunca no seu interior a fechar sílaba (rey, estoy vs. reina, peine). Mesmo assim, não é de excluir que o apelido surja com y, por via galega, em países de colonização espanhola.

Quanto à possibilidade de usar a forma Pereyra, recorde-se que o novo acordo ortográfico (Base XXI), à semelhança do de 1945 (Base L), permite que se mantenham certas grafias: «Para ressalva de direitos, cada qual poderá manter a escrita que, por costume ou registo legal, adote na assinatura do seu nome.»