Não é fácil distinguir prefixos de radicais, como já se explicou em resposta anterior (consultar também Sobre formação de palavras). Geralmente, um prefixo tem origem numa preposição habitualmente latina, como acontece com ultra- (cf. Celso Cunha e Lindley Cintra, Nova Gramática do Português Contemporâneo, 1984, p. 88). Neo- é uma forma não autónoma considerada por vários gramáticos como radical (cf. idem, p. 111), mas os acordos ortográficos têm-lhe dado um tratamento especial, à semelhança do que acontece com outros radicais, incluídos num grupo de elementos de origem adjetival, análogos aos prefixos (Base XXIX, n.º 2 do Acordo Ortográfico de 1945, e Base XVI do Acordo Ortográfico de 1990). Em suma, a diferença entre prefixo e radical não é propriamente intuitiva, pelo que convém consultar as gramáticas de referência (a aqui consultada ou a Moderna Gramática Portuguesa, de Evanildo Bechara) para apurar de que modo uma dada forma não autónoma tem sido classificada.