O topónimo Mogadouro tem origem obscura, segundo José Pedro Machado (Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa), que considera fantasiosa uma outra hipótese, a de o nome vir de um suposto antropónimo árabe Mecaduron.

Um outro autor, A. de Almeida Fernandes (Toponímia Portuguesa – Exame a Um Dicionário, Associação para a Defesa da Cultura Arouquense, 1999), considera que o topónimo vem de uma forma não atestada, *"mogado", esta talvez derivada de "moga", que, segundo este estudioso, teria em tempos significado «velhas árvores muito entroncadas, como castanheiros e carvalhos». Note-se, porém, que, noutras fontes consultadas, não se regista a palavra "moga", pelo que a hipótese de Fernandes parece muito incerta.

O mesmo autor refere ainda a existência da palavra mogo, com o aberto, que em português medieval significava «monge», mas também «marco de extrema (isto é, para limitar propriedade)» e, usado como adjetivo no Algarve, «sonso, hipócrita» (Guilherme Augusto Simões, Dicionário de Expressões Populares Portuguesas, Publicações D. Quixote). Almeida Fernandes acha improvável tal origem, porque Mogadouro parece palavra de conjunto, «e os marcos limitantes eram isolados» (Toponímia Portuguesa, 1999).

Em suma, a origem do topónimo Mogadouro continua por esclarecer.