Aconselho a seguinte pontuação (com a não contração da preposição de com o artigo a, como é obrigatório quando estas palavras são antecedidas de um verbo no infinitivo):

«Lamentavelmente, somente depois de a sociedade comprovar a necessidade de mudanças estruturais e cobrar mudanças é que as transformações começaram a acontecer.»

A expressão «é que» não costuma ser antecedida de vírgula, tal como não tem vírgula a construção enfática equivalente:

«Lamentavelmente, foi somente depois de a sociedade comprovar a necessidade de mudanças estruturais e cobrar mudanças que as transformações começaram a acontecer.»