Ao abrigo do novo acordo ortográfico, a grafia correta da palavra em questão é efetivamente eco-hidrologia. Os radicais de origem grega e latina seguem o critério aplicado aos prefixos antes de um segundo elemento começado por h, ou seja, coloca-se um hífen e mantém-se o h do segundo constutuinte: por exemplo, anti-histamínico (cf. Vocabulário Ortográfico Comum.