Estes dois tempos têm o mesmo valor: indicam uma acção passada anterior a outra também passada:

(1) O pai tinha aconselhado/aconselhara o filho antes de este emigrar.

O pretérito mais-que-perfeito simples, porém, pode-se empregar nos seguintes casos:

a) Em vez do presente do condicional:

(2) Que fora de ti, se eu não te aconselhasse?

b) Em vez do pretérito imperfeito do conjuntivo em orações concessivas e condicionais:

(3) Ainda que eu quisera aconselhar-te, não me seria possível.

(4) «E se mais mundo houvera, lá chegara.» (Camões, «Os Lusíadas», VII, 14).

c) Com valor de condicional, como vemos na frase (4) na forma verbal chegara.

d) Como interjeição com a forma pudera:

(5) - Com que então, foste classificado no teu exame com uma nota muito boa!

- Pudera! Trabalhei durante o ano que nem um burro...

e) Para indicar um desejo:

(6) Quem me dera regressar aos meus 20 anos!

Conforme a doutrina apresentada para a frase (1), estão correctas ambas as frases apresentadas na consulta - a 1) e a 2).

Só apresentando a frase num contexto, e mostrando a situação, poderemos optar por uma ou por outra. No entanto, empregaremos o mais-que-perfeito composto em casos como este:

Que querias tu que eu fizesse, se «a aula já tinha começado, quando cheguei?»

Aqui, o pretérito-mais-perfeito composto evidencia melhor o tempo já passado do começo da aula, como convém para a pessoa justificar o seu comportamento.