As duas formas estão linguisticamente correctas, encontrando-se atestadas no artigo respeitante à entrada coc(o)- do Dicionário Houaiss. É de assinalar que não significam o mesmo, como indica a própria fonte mencionada pelo consulente: a diferença morfológica (e não ortográfica) decorre de cocolitoforídeo significar «que ou aquilo que tem a forma de cocolitóforo».

Sobre a terminação -ídeo, o Dicionário Houaiss afirma o seguinte:

«[terminação] composta do suf[ixo] -eo (fem. -ea) [...] de adjetivos (subst[antivados] ou não), antecedido de um el[emento] final de rad[ical] em -ide (com i longo, paroxítono) do gr[ego] eîdos "forma" ou -ide (-ida, -ido, proparoxítono), o que ocorre em pal[avras] como amarilídeo, australopitecídeo (de australopitécida), hamamelídeo, irídeo, psitacídeo (de psitácida) etc., em vocábulos de form[a] moderna (sXVIII) do lat[im] cien[tífico] para uso na taxonomia botânica e zoológica como adj[etivo] de subst[antivos] botânicos e zoológicos em -ídea, ademais de, em port[uguês], ter-se desenvolvido principalmente para evitar a dúvida acentual em pal[avras] como (acima exemplificadas) psitacida/psitácida (psitacídeo só cerebrinamente poderia ser lido psitacideu), australopitecida/australopitécida (australopitecídeo) [...].»

Quanto à formação etimológica de cocolitóforo, cabe dizer que a palavra é um composto científico cujos constituintes, de origem grega, são, a saber (idem):

a) cocólito, por sua vez, formado por:

– coc(o)-: «antepositivo, do gr. kókkos,ou, "semente, grão, baga ou pevide (particularmente da romã); cochonilha; quermes (inseto parasita do carvalho que serve para tingir de escarlate)"; ocorre em cultismos do sXIX em diante, entre os quais cocácea, cocáceo, cocobacilar, cocobaciliforme, cocobacilo, cocobactéria, cocogênico, cocogônio, cocolite, cocolítico, cocólito, cocolitoforidácea, cocolitoforidáceo, cocolitoforídeo [...]»

– lit(o)-: «antepositivo, do gr. líthos,ou, "pedra", em compostos de form[ação] de vária época, mas em maioria do sXIX em diante, t[am]b[ém] com a ac[e]p[ção] de "cálculo (biliar, renal, etc.)" [...].»

b) -foro: «pospositivo, formador de adjetivos não raro t[am]b[ém] substv[antivos], do gr. phorós, ós, ón, "que leva, carrega para a frente"»

Em suma, cocolitóforo significa literalmente «que ou aquilo que tem ou transporta cocólitos», e cocolitoforídeo, «que ou aquilo que tem a forma de cocolitóforos». Há, portanto, à partida, diferenças morfológicas e semânticas entre os termos; mas o uso de um em lugar do outro já dependerá de critérios da área de investigação onde essa substituição possa ser pertinente.