O uso de o antes de que não é um erro, pelo que a frase apresentada é correta.

Estamos perante uma construção relativa particular introduzida pela locução relativa «o que», que pode ser usada em situações em que retoma uma oração anterior, como em (1):

(1) «Ele queria ler aquele livro na íntegra, o que conseguiu naquele fim de semana.» (o que retoma «ler aquele livro na íntegra»)

Na frase apresentada pela consulente, a locução «o que» retoma o pronome isso, que terá a função de sujeito na frase:

(2) «Isso era o que estava a manter o (seu) pensamento no lugar.»

A oração subordinada relativa desempenha, neste caso, a função de predicativo do sujeito.

Disponha sempre!