Ambas as possibilidades estão corretas, embora se associem a significações distintas.

Assim, na frase transcrita em (1), o sintagma preposicional «da mãe» relaciona-se com o nome refeição:

(1) «A cria comeu a refeição regurgitada da mãe/progenitora.»

Estamos perante um sintagma preposicional classificador¹, que indica o tipo de refeição comido: a cria comeu refeição da mãe e não a dos irmãos, por exemplo.

Na frase apresentada em (2), o sintagma preposicional «pela mãe» tem o valor de agente da passiva e associa-se não ao nome refeição, mas ao adjetivo regurgitada, que constitui um caso de passiva adjetival:

(2) «A cria comeu a refeição regurgitada pela mãe/progenitora.»

Em termos semânticos, na frase (2) afirma-se que a cria comeu a comida que a mãe regurgitou (e não outra qualquer).

Disponha sempre!

1. A propósito da natureza dos sintagmas que se associam ao nome, veja-se esta resposta.